Le crime n'existe pas au Japon. L'archipel est un paradis exempt de violence et de délinquance. La réalité est bien différente. Derrière la propagande, le gouvernement cache une arme : les "Lycoris", des orphelines entraînées depuis leur plus jeune âge pour supprimer toute menace à l'ordre national. Vêtues de leur uniforme, elles sillonnent les rues armées et prêtes à tuer. Parce qu'elle a désobéit à un ordre de mission pour la énième fois, la taciturne Takina est envoyée au Café LycoReco pour faire équipe avec Chisato, la meilleure agente de l'organisation. Et le moins que l'on puisse dire, c'est qu'elles ont toutes les deux une perception de leur rôle radicalement différente.